se n'è andato è riflessivo lo dici più a te stesso che ad altri, è andato è un'affermazione in terza persona singolare. potrebbe essere la risposta alla domanda dov'è Luca? è andato a correre.
se n'è andato , esprime un allontanamento permanente oppure come dicevo prima riflessivo ad esempio: ti stanno aspettando in macchina ma sai che hai i minuti contati altrimenti vanno via senza di te , arrivi sul luogo dell'appuntamento in ritardo , loro non ci sono e tu con visibile disappunto puoi dire : accidenti se nè andato .