京都でたくさんお寺があります。 と 京都にたくさんお寺があります。 と There are many temples in Kyoto. はどう違いますか？説明が難しい場合は、例文を教えて下さい。

In this case, we won't say 京都でたくさんのお寺があります.

As for で VS に,
で is to describe where an action takes place, whereas に is to describe a destination or an existence.

When you want to say like "There is/are X in Y",
the following would be a correct structure. (で and に are not interchangeable.)
Xに　Yが　あります.
京都にお寺があります。
東京にスカイツリーがあります。

When using に as a desitation-marker,
日本に行きます。
明日、京都に行きます。

Using で to describe where an action takes place,
ここでランチを食べます。
アメリカで日本語を勉強しました。