テキストにはものの存在を表す文型は「⭕️⭕️に⭕️⭕️があります」と書いてありますが、この助詞「が」を「は」に変えてもいいですか？
「⭕️⭕️に⭕️⭕️はあります」ではダメでしょうか？

例えば、
机に本があります。
机に本はあります。(この言い方では変ですか？)

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「机に本はあります」という表現には、少し違和感を覚えます。
しかし、正直なところ、感覚で使い分けている部分が大きいです。
ですが、少し考えてみました。

"机に本「は」あります。"という文章が強調するのは「机」だと感じます。
"机に本「が」あります。"という文章が強調するのは「本の存在」や「本があるという事実」だと感じます。
「机」を強調したい場合であれば「は」を使っても自然かもしれません。
たとえば「机に本はあります。しかし、鉛筆がありません」は自然です。
一番伝えたいことが「鉛筆がないこと」、次に伝えたいことは「机にないこと」だからではないかと思います。
「が」は、強い言葉です。